Akuifer karst memiliki beberapa ciri khusus yang membedakan akuifer tersebut dengan akuifer lain. Ciri pembeda tersebut terletak pada sifat dualitas recharge, proses infiltrasi, proses aliran air bawah permukaan, dan proses discharge.
- Dualitas recharge. Karst memiliki dua bentuk masuknya air ke dalam karst, yaitu :
- Recharge Autogenik : recharge yang berasal dari wilayah karst itu sendiri, misal air hujan yang masuk melalui rekahan-rekahan batuan karst.
- Recharge Allogenik : recharge yang berasal dari wilayah non karst di sekitarnya, seperti aliran sungai tertelan (sinking water flow)
- Dualitas proses infiltrasi.
- Infiltrasi Diffuse : proses infiltrasi melalui tanah dan zone tak jenuh pada batuan karst
- Infiltrasi Terkonsentrasi : proses infiltrasi dari aliran air di permukaan yang masuk menuju sistem bawah permukaan melalui lubang-lubang.
- Dualitas proses aliran bawah permukaan.
- Aliran berkecepatan tinggi : aliran air bawah permukaan yang memiliki kecepatan perpindahan tempat yang tinggi seperti dalam sistem goa.
- Aliran berkecepatan rendah : aliran air bawah permukaan yang memiliki kecepatan perpindahan tempat yang rendah seperti aliran dalam kolom rekahan.
- Dualitas proses discharge.
- Rembesan Diffuse : keluarnya air yang berupa rembesan dari ruang yang memiliki permeabilitas rendah, seperti rembesan-rembesan atau tetesan pada atap dan dinding goa atau bidang tegak patahan karst yang tersingkap.
- Lepasan terkonsentrasi : keluarnya air pada suatu lubang seperti mata air.
Kedua bentuk dari masing-masing hal tersebut terdapat pada bentang lahan karst. Dualisme pada akuifer karst tersebut memungkinkan terjadinya penyebaran bahan pencemar terlarut secara cepat. Hal ini menjadi satu penyebab rentannya akuifer karst terhadap bahaya pencemaran air. Sementara kita tahu bahwa air yang berada dalam sistem sungai bawah tanah, secara langsung diambil dan dimanfaatkan oleh penduduk sebagai air minum dan pemenuhan kebutuhan lainnya.
Adalah sangat tidak bijaksana membiarkan adanya berbagai kotoran dan bahan pencemar masuk pada saluran-saluran air pada wilayah karst.
