Kawasan karst pada umumnya memiliki tanah penutup yang tipis. Tanah penutup batuan karst juga sering tidak terlindungi oleh vegetasi sehingga mudah tererosi ketika hujan. Erosi terhadap tanah penutup banyak terjadi terutama pada lereng-lereng perbukitan. Erosi tanah penutup batuan karst dalam intensitas yang tinggi dapat mengikis tanah dalam jumlah yang besar. Akibat dari erosi tersebut terjadi proses penyingkapan batuan karst. Pada tingkat lanjut proses penyingkapan tersebut akan mengubah kawasan karst seperti "gurun batuan", dimana seluruh permukaan kawasan tersebut hanya berupa singkapan batuan karst yang sulit dihijaukan.
Kawasan karst yang telah mengalami desertifikasi akut sulit direklamasi. Vegetasi sulit untuk hidup karena sedikitnya tanah sebagai media tumbuh serta ketersediaan air permukaan yang sangat minim. Pada kondisi tersebut, ketersediaan air bawah permukaan juga terancam karena meningkatnya air larian permukaan. Peningkatan air larian permukaan mampu menimbulkan ancaman bahaya banjir bandang. Dampak lanjutannya adalah munculnya masalah-masalah sosial seperti kemiskinan dan lain-lain pada wilayah karst tersebut.
Peran vegetasi sangat penting dalam pengendalian proses desertifikasi ini. Tutupan vegetasi mampu mengikat tanah dan mengurangi potensi benturan air hujan dengan tanah sehingga akan menurunkan potensi erosi. Pada kawasan karst dengan vegetasi yang baik perkembangan proses desertifikasi sangat kecil dan sebaliknya kawasan karst dengaan vegetasi jarang memiliki perluasan kawasan terdesertifikasi yang cepat.
Desertifikasi secara alamiah disebabkan oleh erosi berat terhadap tanah. Selain itu desertifikasi juga dapat terjadi akibat aktifitas manusia seperti penambangan yang tidak terkontrol. Aktifitas penambangan batu gamping dan sejenisnya sering membuka lapisan epikarst bahkan hingga lapisan vadose yang mengakibatkan sebagian besar bukit karst hilang. Pembongkaran epikarst jelas mengakibatkan karst kehilangan kemampuan menangkap dan menyimpan air untuk dimasukkan ke dalam saluran bawah permukaan. Lahan bekas penambangan yang berupa singkapan batu karst sulit di manfaatkan terutama untuk pertanian.
Desertifikasi batuan karst merupakan suatu ancaman yang sewaktu-waktu dapat menimpa kawasan karst manapun jika kawasan tersebut tidak dikelola dengan baik